Τα ματς της Σπάρτης με τον Παναιγιάλειο και του ΟΦΗ με τον Αχαρναϊκό ήταν το ορεκτικό, αφού το Κύπελλο επί της ουσίας αρχίζει από τη 2η φάση του. Σε αυτή υπενθυμίζεται πως μπαίνουν όλες οι επαγγελματικές ομάδες με εξαίρεση τις δύο που αποκλείστηκαν, δηλαδή τους Παναιγιάλειο και Αχαρναίκό.
Τόσο οι 16 μονομάχοι της Σούπερ Λίγκας και η ΑΕΛ φυσικά, όσο και οι 14 ομάδες της Β' Εθνικής, που έως τώρα δεν είχαν παίξει, ρίχνονται στη μάχη μαζί με τις δύο που προκρίθηκαν. Όλοι τους θα μπουν σε ομίλους που θα έχουν δύο εκπροσώπους κάθε κατηγορίας με τους δύο πρώτους να περνούν.
Την Πέμπτη (22/9) έγινε γνωστό πως η κλήρωση για τους «32» θα γίνει σε ακριβώς μία εβδομάδα. Αναλυτικά: «Την Πέμπτη 29/9/2016 και ώρα 10:30 στα γραφεία της Ελληνικής Ποδοσφαιρικής Ομοσπονδίας θα διενεργηθεί η κλήρωση για τους αγώνες της 2ης φάσης του Κυπέλλου Επαγγελματικών Ομάδων περιόδου 2016-2017».