Πολλές φορές ο Γουέιν Ρούνεϊ διαφώνησε με τις ιδέες του Σερ Άλεξ Φέργκιουσον και τις τακτικές του στη συνύπαρξή τους στη Μάντσεστερ Γιουνάιτεντ, όμως, ο νυν αρχηγός της ομάδας τόνισε πως ο Βρετανός πρώην προπονητής ήταν ο κορυφαίος!
Μαζί πανηγήρισαν πολλούς τίτλους, η συνεργασία τους κρίνεται απόλυτα επιτυχημένη στο αγωνιστικό κομμάτι, όμως δεν έλειψαν και οι στιγμές που ο Ρούνεϊ είχε αισθανθεί πως η θητεία του στο «Ολντ Τράφορντ» θα έφτανε στο τέλος της. Αποκορύφωμα, το 2010, όταν όλα έδειχναν ότι ο Άγγλος επιθετικός θα αποτελούσε παρελθόν από τον σύλλογο, φερόταν να έχει έρθει σε ανοιχτή κόντρα με τον Φέργκιουσον, όμως τελικά υπέγραψε νέο πενταετές συμβόλαιο συνεργασίας.
«Είχαμε τις διαφορές μας, αλλά είναι φυσιολογικό αυτό σε μια ομάδα.. Είχε διαφορές και με άλλους ποδοσφαιριστές τόσα χρόνια που βρισκόταν στον πάγκο. Είναι μέρος του ποδοσφαίρου να μη συμφωνείς πάντοτε σε όλα με τους άλλους. Δεν είμαι ο μοναδικός που είχα διαφορετικές απόψεις σε ορισμένα πράγματα από τον Σερ Άλεξ, όμως ήταν ο κορυφαίος προπονητής όλων των εποχών» είπε χαρακτηριστικά ο Ρούνεϊ.