Μετά την πρόκριση επτά ομάδων της Α2 από την Α΄ φάση, στη «μάχη» του Κυπέλλου ρίχνονται και τα οκτώ σωματεία που πέρυσι κατέλαβαν τις θέσεις 7-12 στο πρωτάθλημα της Α1, καθώς και οι δύο νεοφώτιστες.
Στην 1η αγωνιστική της Β΄ φάσης θα αγωνιστούν τα έξι από τα επτά σωματεία της Α2 που προκρίθηκαν, καθώς ο Αίολος Τρικάλων προκρίθηκε απευθείας στη μεθεπόμενη φάση του Κυπέλλου (2η αγωνιστική Β΄ φάσης), μετά τη νίκη του επί του Ερμή Λαγκαδά (σύμφωνα με τον κανονισμό εξαιρείται ένα σωματείο από τα 15 κατόπιν κλήρωσης και προκρίνεται απευθείας στη 2η αγωνιστική).
Το πρόγραμμα της 1ης αγωνιστικής της Β΄ φάσης του Κυπέλλου Ελλάδας:
Β΄ Φάση
1η Αγωνιστική (18-19/9/2012)
18/9/2012
8. Απόλλων Πατρών-Ηλυσιακός
9. ΟΦΗ-Περιστέρι
11. Φιλαθλητικός-Άρης
12. Πανελευσινιακός-ΠΑΟΚ
14. ΚΑΟ Δράμας-Ίκαρος Καλλιθέας
19/9/2012
10. Ν. Κηφισιά-Αρκαδικός
13. Ίκαροι Σερρών-Λαύριο
2η Αγωνιστική (22/9/2012)
15. Αίολος Τρικάλων-Νικητής 12
16. Νικητής 8-Νικητής 10
17. Νικητής 11-Νικητής 9
18. Νικητής 13-Νικητής 14