Η παρουσία μεγάλων και γνωστών ονομάτων του ελληνικού ποδοσφαίρου (όπως ΑΕΚ, ΑΕΛ, Πανσερραϊκός, Ιωνικός, Αιγάλεω) στην ερασιτεχνική πλέον Γ’ Εθνική, οδήγησε την ΕΠΟ να διοργανώσει από τη σεζόν 2013-14 ξεχωριστό Κύπελλο της τρίτης κατηγορίας, ενώ θεσπίζεται και Σούπερ Καπ ερασιτεχνικού ποδοσφαίρου (ανάμεσα στον τροπαιούχο της διοργάνωσης των ΕΠΣ και αυτού της Γ’ Εθνικής). Η σχετική ανακοίνωση της Ελληνικής Ποδοσφαιρικής Ομοσπονδίας αναφέρει τα ακόλουθα:
«Από την Ελληνική Ποδοσφαιρική Ομοσπονδία ανακοινώνεται ότι ομόφωνα το διοικητικό της συμβούλιο στη συνεδρίασή του στις 2/8/2013 αποφάσισε όπως προχωρήσει στη διοργάνωση Κυπέλλου Γ' Εθνικής Ερασιτεχνικής Κατηγορίας.Η προσθήκη που έγινε στο αντίστοιχο άρθρο του Κανονισμού Αγώνων Ποδοσφαίρου Ερασιτεχνικών Πρωταθλημάτων μετά την ομόφωνη απόφαση του Δ.Σ. της ΕΠΟ, είναι η ακόλουθη:
Κ.Α.Π. Ερασιτεχνικών πρωταθλημάτων
Άρθρο 38, παρ 3
α. Κάθε έτος, είναι δυνατό, με απόφαση του Δ.Σ. της Ε.Π.Ο., να διοργανώνεται πρωτάθλημα Κυπέλλου της Γ΄ Εθνικής ερασιτεχνικής κατηγορίας, στο οποίο η συμμετοχή των ομάδων είναι υποχρεωτική
β. Το σύστημα τέλεσης των αγώνων του Κυπέλλου αυτού καθώς και κάθε άλλη κανονιστική διάταξη καθορίζονται με την οικεία προκήρυξη που εγκρίνει το Δ.Σ. της Ε.Π.Ο.
γ. Οι λοιπές διατάξεις του κεφαλαίου του παρόντα κώδικα που αφορούν στο Κύπελλο Ερασιτεχνών ισχύουν ανάλογα
δ. Διοργανώτρια του πρωταθλήματος του Κυπέλλου της Γ΄ Εθνικής Ερασιτεχνικής κατηγορίας είναι η Ε.Π.Ο., η οποία κατέχει και τα ραδιοτηλεοπτικά δικαιώματα των αγώνων.
ε. Το Κύπελλο Ελλάδος Ερασιτεχνών, εφόσον προκηρυχθεί και το Κύπελλο Ελλάδος της Γ΄ Εθνικής κατηγορίας, διεξάγεται κανονικά με τις ομάδες των Ε.Π.Σ., εκτός αυτών που μετέχουν στο πρωτάθλημα της Γ΄ Εθνικής κατηγορίας, στην πρώτη φάση από τις Ε.Π.Σ. και στις υπόλοιπες από την Ε.Π.Ο.
στ. Μετά την ανακήρυξη του Κυπελλούχου του Κυπέλλου των Ε.Π.Σ. και του Κυπελλούχου του Κυπέλλου της Γ΄ Εθνικής ερασιτεχνικής κατηγορίας διεξάγεται ο τελικός (Super Cup) αγώνας για την ανάδειξη του Κυπελλούχου του ερασιτεχνικού ποδοσφαίρου».