Την Πέμπτη 30 Ιανουαρίου 2025 στις 14:00 θα διενεργηθεί στα γραφεία της ΕΠΟ στο Πάρκο Γουδή η κλήρωση για την 2η και την 3η φάση του Πανελλήνιου Πρωταθλήματος ΕΠΣ Κ16. Μετά το πέρας των αγώνων της 1ης φάσης του πρωταθλήματος (φάση ομίλων), οι ομάδες που εξασφάλισαν την πρόκρισή τους στη συνέχεια της διοργάνωσης είναι οι ακόλουθες.
Επικεφαλής ομίλων:
1ος Όμιλος: ΕΠΣ Ξάνθης
2ος Όμιλος: ΕΠΣ Μακεδονίας
3ος Όμιλος: ΕΠΣ Πρέβεζας/Λευκάδας
4ος Όμιλος: ΕΠΣ Λάρισας
5ος Όμιλος: ΕΠΣ Αχαΐας
6ος Όμιλος: ΕΠΣ Καρδίτσας
7ος Όμιλος: ΕΠΣ Κορίνθου
8ος Όμιλος: ΕΠΣ Πειραιά
9ος Όμιλος: ΕΠΣ Κυκλάδων
10ος Όμιλος: ΕΠΣ Ηρακλείου
Οι 6 καλύτερες δεύτερες ομάδες: ΕΠΣ Αιτωλοακαρνανίας, ΕΠΣ Εύβοιας, ΕΠΣ Αργολίδας, ΕΠΣ Δωδεκανήσου, ΕΠΣ Ηπείρου, ΕΠΣ Πέλλας.
Αναλυτικά το σύστημα διεξαγωγής:
2η Φάση: Οι δεκαέξι (16) ομάδες που προέκυψαν από την 1η Φάση θα χωριστούν σε γκρουπ με γεωγραφικά κριτήρια και έπειτα θα πραγματοποιηθεί κλήρωση και τα ζευγάρια που θα προκύψουν θα αγωνιστούν σε μονούς αγώνες (νοκ αουτ) για την πρόκριση στην 3η φάση. Για τα ζευγάρια που θα προκύψουν από την κλήρωση ισχύουν τα παρακάτω:
1. Αν κληρωθεί πρώτη καλύτερη ομάδα 1ης φάσης να αγωνιστεί με 2η καλύτερη ομάδα 1ης φάσης, γηπεδούχος υποχρεωτικά θα είναι η πρώτη καλύτερη ομάδα 1ης φάσης.
2. Αν σε ένα ζευγάρι ομάδων κληρωθούν να αγωνιστούν δύο πρώτες καλύτερες ομάδες 1ης φάσης, γηπεδούχος θα είναι η ομάδα του ζευγαριού που θα κληρωθεί πρώτη στην διαδικασία της κλήρωσης.
3. Αν σε ζευγάρι ομάδων κληρωθούν να αγωνιστούν δύο δεύτερες καλύτερες ομάδες 1ης φάσης, γηπεδούχος θα είναι η ομάδα του ζευγαριού που θα κληρωθεί πρώτη στην διαδικασία της κλήρωσης.
3η Φάση (προημιτελικοί, 8 Ομάδες)
Οι ομάδες θα χωριστούν με γεωγραφικά κριτήρια σε δύο γκρουπ και στη συνέχεια θα πραγματοποιηθεί κλήρωση και οι οκτώ (8) ομάδες που προέκυψαν από την 2η Φάση θα αγωνιστούν σε μονούς αγώνες (νοκ αουτ) με γηπεδούχες τις ομάδες που θα κληρωθούν πρώτες σε κάθε ζευγάρι.